@guyskk 感谢，那篇文章让我受益良多。

@araraloren 再次感谢。
客户那边限制，只能使用 win。

>>> 不过还有一个办法就是你去和 cmd/shell 交互，而不是和你的应用程序交互
这是个思路。

@araraloren 谢谢，按你说的确实是有输出。赞啊~~

接下来就是我的问题了，我以为用 mysql，大家都有这个环境，就能很好的说明这个问题。看来大能果然不能糊弄。
我实际的问题和 mysql 类似，是叫“ cisco anyConnect ” 的一个程序（ vpncli.exe ）。
流程是差不多，通过 vpncli.exe 登录⇒建立 VPN 连接⇒返回状态⇒访问测试页面⇒退出 vpncli.exe 。
所以 mysql -n 参数我是学到了，但 vpncli.exe 没有-n 参数。

感谢大家一直在帮助我，怎奈我天资有限，一直没有解决。
@llbgurs out,err = sub_process.communicate()的意思是线程结束后才返回 stdout 和 stderr 吧？
我的程序不能停止后才返回，还有后续的动作。

@topbandit 大神留步。
我改了一下我的代码。试了，不打印。求大神给看看。

def stdout_theard(stdout_lock, p_stdout):
for i in range(3000):
s = p_stdout.readline()
if len(s)>0:
print s # 这里没有打印
time.sleep(0.01)

if __name__ == "__main__":
os.chdir('C:\\Program Files (x86)\\MySQL\\MySQL Server 5.0\\bin')
s_mian_command = 'mysql -h localhost -uroot -p1234'
l_command = ['show databases;', 'use mysql;', 'show tables;']

sub_process = subprocess.Popen(s_mian_command,
stdin = subprocess.PIPE,
stdout = subprocess.PIPE,
stderr = subprocess.PIPE,
shell = True)

stdout_lock = threading.Lock()
thread_read_output = threading.Thread(target=stdout_theard,
args=(stdout_lock,sub_process.stdout))
thread_read_output.setDaemon('True')
thread_read_output.start()

for s_command in l_command:
time.sleep(1)
sub_process.stdin.write(s_command + '\r\n')
print s_command # 这里是打印的

打印的结果就是：
show databases;
use mysql;
show tables;

密码啥的都没问题。后台也确确实实执行了的（我用 PowerCmd 能看到后台是执行了的），就是没打印。
黑人问号黑人问号。

@topbandit stdout,stderr = Pipe.commucate() 是不是等到进程结束才输出？这个在我的程序里不适用。不能等到结束，还要有后续的动作。（事实上是用 cisco anyConnect 建立连接之后，测试上网）

@topbandit 所谓“及时取出 stdout，边读边写”，的意思是 p.stdout.flush() 么？
好像抓到点什么了？

@araraloren 谢谢回复，学到了。

因为 python 的 subprocess 的 stdin，stdout 有阻塞的问题，所以我不会处理。
perl 没有阻塞的问题么？这到是个好消息，我可以用 perl 试试。